San Francesco del Deserto è un'isola della laguna nord di Venezia, di circa 4 ettari, fra Sant'Erasmo e Burano. Nel 1228 vi fu costruita la prima chiesa dedicata a San Francesco d'Assisi, e nel 1233 l'isola fu donata ai frati minori, che vi costruirono il convento.
Isola delle due vigne, abitata dall'età romana
Prima di prendere il nome del santo l'isola si chiamava Isola delle due vigne, e i reperti archeologici trovati sul posto dimostrano che era abitata già in età romana. Gli scavi, fatti in epoche diverse e soprattutto fra il 1961 e il 1965, hanno confermato quello che le narrazioni storiche tramandavano.
Una sezione di terreno scavata qui è fra le più note della laguna: dal V-VI al VII secolo, man mano che l'acqua prese il sopravvento, i materiali diventarono più ricchi e di qualità migliore. Il luogo diventava più interessante man mano che cresceva la profondità dell'acqua. Chi viveva qui non andava in laguna perché l'acqua lo difendeva, né malgrado l'acqua: ci andava proprio per l'acqua, che lo collegava al resto del mondo.
Francesco d'Assisi e il pino del bastone
La tradizione fa risalire al 1220 la fondazione di un eremo sull'isola, quando Francesco d'Assisi tornò dall'Oriente: era stato a Damietta, durante la Quinta Crociata, e aveva incontrato il sultano d'Egitto Malek-el-Kamel. Tornato su una nave veneziana, forse sbarcò a Torcello, allora centro importante e sede del vescovo.
In Italia molti volevano seguirlo, ma con orientamenti diversi dalla sua intuizione originaria, e questo gli creava problemi. Cercò allora un luogo di pace dove ritirarsi a pregare in silenzio: lo trovò, si ritiene, proprio in quest'isola, allora del nobile veneziano Jacopo Michiel, dove, racconta il suo biografo Bonaventura da Bagnoregio, fu salutato dal canto di moltissimi uccelli. Una leggenda aggiunge che prima di partire il santo avesse piantato in giardino il suo bastone da viaggio, diventato poi un pino. Il pino si seccò nel 1701, nonostante le cure dei frati, e col suo tronco fu scolpita una statua del santo, messa nella chiesa.
Jacopo Michiel e la prima chiesa
Certo è che nel 1228 Michiel, d'accordo con Sant'Antonio da Padova, che era ministro provinciale, vi fece costruire una chiesa intitolata a Francesco, morto nel 1226: è la prima chiesa dedicata al santo. Nel marzo del 1233 donò per sempre l'isola ai frati minori del convento dei Frari di Venezia.
Dalla malaria al ritorno dei frati
Nel XV secolo la malaria costrinse ad abbandonare l'isola, che rimase sola e cadente: da allora si chiama San Francesco del Deserto. Nel 1453 l'isola fu affidata ai frati minori Osservanti, che restaurarono chiesa e convento e costruirono il chiostro rinascimentale; Clemente VIII vi mise poi i frati minori Riformati, che ci restarono senza interruzioni fino al 1806, quando le soppressioni napoleoniche li fecero ritirare nel convento di San Bonaventura a Venezia.
Il convento, con le sue 31 celle, diventò un deposito di esplosivi e l'isola una caserma, poi una polveriera degli Austriaci. Nel 1856 l'imperatore d'Austria donò l'isola al Patriarca di Venezia, che la concesse per sempre ai frati minori: tornarono nel 1858, e i restauri riportarono alla luce le absidi di un oratorio e le fondamenta dell'antica chiesa.
I due chiostri del convento
Il convento si sviluppa attorno a due chiostri. Il primo, del secolo XIII, fu demolito con la soppressione napoleonica e rifatto quando i frati tornarono, nella seconda metà dell'Ottocento; il secondo mantiene intatte le lunghe file di arcate del Quattrocento.